De vraag die je met het programma Blast probeert op te lossen is "waar komt deze DNA volgorde vandaan". Je tikt daarvoor de DNA volgorde waarvan je wat wilt weten in op het zoekveld van het Blast programma en drukt op "start". Wat Blast doet is simpel, het doorzoekt de bibliotheek met alle DNA-volgordes die bekend zijn naar die volgorde die het meest op die van jou lijkt. Blast is heel snel, meestal staat binnen 1 minuut het resultaat op je scherm. Als je weet hoeveel DNA volgordes daarvoor zijn doorzocht, vele miljarden, dan is dat ongelofelijk.

Voor de Blast beginner, de amateur DNA-onderzoeker, heeft LeveDNA! een programma gemaakt, de BLATTERY. Hier staan altijd wat DNA volgordes voor je klaar om met Blast te onderzoeken. Het Blast programma vind je op de NCBI site.

De BLATTERY - het resultaat

Bij elk Blast resultaat staat bovenaan de DNA volgorde die het meeste lijkt op (of helemaal gelijk is aan) de volgorde die je hebt opgegeven. Naar beneden in de lijst staan volgordes die er stteds minder op lijken. De BLATTERY geeft 5 resultaten, de 5 die het meeste lijken op de ingevulde DNA volgorde. Om meer te weten te komen over de afkomst van het stukje DNA is het handig om ook naar andere resultaten te kijken. Andere resultaten bevatten in sommige gevallen meer informatie. Om alle resultaten van de Blast te bekijken klik je helemaal onderaan de pagina op “volledige Blast resultaat: NCBI”. Klik vervolgens op “View report”. Binnen 'n minuut worden het resultaat van de officiële Blast getoond.

De BLATTERY  -  welk organisme?

Het resultaat van de BLATTERY geeft als eerst de naam weer van het organisme waar het stukje DNA mee overeenkomt. Meestal wordt de wetenschappelijke (Latijnse) naam van het organisme (de soort) gebruikt, bestaande uit 2 woorden. In het voorbeeld hieronder lijkt het onderzochte stukje DNA sterk op dat van de bacterie Sphigomonas sp. iMTI6 (rood omkaderd). De gewone naam van het organisme kun je opzoeken in het Nederlandse soorten register, in Wikipedia of de NCBI's Taxonomy sever (Engels-talig). Nog meer uitleg.

De wetenschappelijke naam van het organisme kan ingevuld worden in het vakje “Organisme”. Om tikfouten te voorkomen kun je het beste werken met kopiëren & plakken.

De BLATTERY  -  Wat? - functie/gen

Achter de naam van het organisme staat weergegeven met welk chromosoom of met welk gen het stukje DNA overeenkomt (blauw omkaderd). In het voorbeeld komt het stukje DNA overeen met een gedeelte ("partial sequence") van een stuk van 428 letters ("baseparen") van het 16S ribosomal RNA gene van Sphigomonas sp. iMTI6. Tevens staat vermeld dat de opgegeven DNA volgorde overeenkomt met één stukje uit die volgorde ("1 alignment"). Als het overeenkomende stuk DNA veel groter is, bijvoorbeeld het volledige DNA van Sphigomonas sp. iMTI6, dan kan het gebeuren dat de opgegeven volgorde op meer plekken overeenkomt, je krijgt dan meerdere "alignments" te zien, de best gelijkende weer bovenaan.
De functie van het gen kan worden ingevuld in het vakje achter “Functie (gen)”. Meestal is het nuttig ook even naar de andere resultaten te kijken, de beschrijvingen daar kunnen meer detail bevatten.

Verschillen

Onder de naam van het organisme en de functie van het stuk DNA, groen omkaderd, staat hoe sterk de opgegeven DNA volgorde lijkt op het DNA uit de databank. In het voorbeeld komen letter 1 tot en met 254 van de opgegeven volgorde overeen met letter 2 tot en met 250 van Sphigomonas sp. iMTI6. Er zijn 3 letters anders ("mismatches") en op 11 plaatsen ontbreken er één of meer letters ("gaps"). Nog meer uitleg.

Tenslotte staan er de twee DNA volgordes, boven elkaar. Die van de opgegeven volgorde (zwarte pijl) boven die van de gevonden volgorde van Sphigomonas sp. iMTI6 (rode pijl). Op de regel ertussen worden alle gelijke letters aangegeven met een ' | ' teken. Als er geen ‘ | ’ teken staat verschillen de DNA volgordes van elkaar (de mismatches en de gaps) . De twee DNA volgordes verschillen dus 14 keer van elkaar.

Onder “Opmerking” kun je aangeven hoe sterk het opgegeven stukje DNA overeenkomt met het DNA van het gevonden organisme. De vraag hier is aan te geven of jouw DNA volgorde helemaal hetzelfde is (identiek, 100%), nagenoeg gelijk is (95-99% hetzelfde), sterk lijkt op (80-94% hetzelfde), lijkt op (60-79% hetzelfde) of anders is (minder dan 60% gelijk). Dat wordt soms dus even rekenen (meer uitleg.). Maak je keuze bij “Opmerking: ”.

Tot slot verstuur je het resultaat. Er kan daarbij gekozen worden om nog meer DNA volgordes te bekijken, naar een andere project te gaan of om te stoppen.

Dat was het, hartelijk dank voor je medewerking!

©met dank aan Carlien Kamerling, Hienke Sminia & Johan den Dunnen